Si tienes un visado estadounidense válido en tu pasaporte (por lo que tanto el F1 como el H1B podrían estar bien), puedes transitar en Frankfurt siempre y cuando puedas permanecer en el aire (en particular: la escala debe ser inferior a 12 horas y su equipaje debe ser facturado a través de (al menos hasta el siguiente destino no Schengen). Ver también ¿Necesito un visado para transitar (o hacer escala) en el espacio Schengen? para una explicación completa de las normas pertinentes.
Es importante destacar que si el visado sigue siendo válido, su punto de origen y su destino no importan. No hay nada que diga que su visado H1B sólo puede utilizarse para transitar de camino a los Estados Unidos . También le eximiría de un visado de tránsito en el aeropuerto de Schengen para volver a Estados Unidos o, por ejemplo, para un vuelo desde la India a algún lugar de África.
No tengo experiencia de primera mano en esta situación, pero no creo que las sutilezas de tu estatus en Estados Unidos ("OPT cap gap", I-20, etc.) importen en absoluto, en lo que respecta a las autoridades alemanas.
Si tiene dudas, puede preguntar a su compañía aérea, ya que será ella la que compruebe primero la situación de su visado, incluso antes de subir al avión en Estados Unidos.