En mi experiencia, no hay absolutamente ningún problema con este tipo de cosas. Los circuitos impresos desprovistos de componentes son fáciles de inspeccionar para el personal de rayos X, de hecho se parecerán a aparatos electrónicos empaquetados familiares ya que la carcasa es generalmente casi invisible para los rayos X. A menudo viajo con este tipo de cosas (prototipos, placas de evaluación, etc.) y no he tenido ningún problema, ni siquiera hay evidencia de que hayan revisado la bolsa. Pueden ver que no hay peligro.
No ponga baterías en el equipaje facturado, especialmente en electrónica casera, y nunca celdas de litio. También sería un poco cuidadoso con aparatos electrónicos extraños o hechos en casa en el equipaje de mano, solo porque podría asustar a otro pasajero si lo ven (quizás mientras estás accediendo a tu reserva de bocadillos en vuelo) lo cual no deseas hacer.
Lo único peor sería sacar tu Arduino con luces intermitentes y comenzar a conectarlo a tu computadora portátil para hacer un poco de programación durante el vuelo.