En la facturación (y posiblemente en la puerta de embarque) tendrás que presentar el pasaporte filipino para demostrar que puedes entrar en el país. En inmigración, al salir de los EE.UU. (si hay), tendrás que mostrar el pasaporte indio con el visado para demostrar que te has quedado legalmente; no debería importarles a dónde vas, sólo que tenías un visado para estar en los EE.UU. y que no te has quedado.
En Inmigración de Filipinas presenta el pasaporte filipino, igualmente no les importa dónde has estado y sólo quieren asegurarse de que se te permite entrar en Filipinas.
En el trayecto de vuelta, inviértelo dependiendo de a dónde vayas, muestra el pasaporte que acredita que puedes entrar en tu destino en la facturación, muestra el pasaporte filipino en el despacho de salida de Filipinas, etc.
Esté preparado, en caso de que alguien le pregunte, para mostrar el otro pasaporte y explicar lo que ha hecho. Pero en la mayoría de los casos, cada persona que mira tu pasaporte está tratando de confirmar una cosa concreta y tú solo tienes que mostrar el pasaporte que lo acredita.