El escenario que describe no es infrecuente y hay un par de razones legales/políticas y de marketing por las que podría ser el caso.
Cabotage/Libertades del Aire
La compañía aérea puede carecer de derechos para transportar a los pasajeros de A-B, aunque puede transportarlos de A-B-C. Por ejemplo, si el segmento es nacional y la aerolínea es extranjera, la aerolínea debe tener derechos de cabotaje . La mayoría de los países prohíben a los transportistas extranjeros (ya sean aéreos, terrestres o marítimos) competir con los nacionales, con la única excepción de ciertos bloques económicos como la UE.
Por ejemplo, Qantas QF108 actualmente vuela entre Nueva York-JFK y Sydney vía Los Ángeles. Qantas es una aerolínea australiana. Australia y Estados Unidos no tienen un tratado que permita el cabotaje, por lo que la ley estadounidense prohíbe a Qantas transportar pasajeros entre puntos de Estados Unidos. Por lo tanto, puede reservar un vuelo en QF108 JFK-LAX-SYD, o LAX-SYD, pero no JFK-LAX.
Discriminación de precios
Como ocurre con muchas cosas en la fijación de precios de las aerolíneas, detrás de cada comilla de tarifas hay misteriosos algoritmos basados en patrones históricos de viajes y proyecciones de ingresos. Es perfectamente posible, por ejemplo, que US Airways esté dispuesta a venderle un billete DCA-PHL-MAD, pero no DCA-PHL, quizás tratando de mantener esos asientos abiertos para los pasajeros con conexiones posteriores de mayores ingresos. Ciertamente, los vuelos como DCA-PHL tienen un precio considerablemente superior al que cabría esperar en función de la distancia o la demanda, en parte por esta razón.
Hay algunas posibilidades más remotas, como paradas técnicas representados como destinos intermedios, o un segmento de un vuelo directo no estar disponible para la compra por separado, pero creo que los dos anteriores deben sobre la mayoría de los casos.