No.
La única diferencia con respecto a un itinerario puramente nacional en la primera etapa es que habrá un poco de tiempo extra en el mostrador de facturación si (a) tienes algún problema extraño de facturación con una aerolínea asociada en la ruta ese día y (b) controles de visado/pasaporte.
La otra cosa es que lo de las "tres horas necesarias" es un poco un mito.
En algunos aeropuertos, sobre todo en los que hay controles de salida largos, burocráticos y caóticos (India, partes de Sudamérica), sí que necesitarás tanto tiempo en el punto de salida internacional. Pero, desde luego, no lo necesitarás en la parte nacional del viaje.
Según mi experiencia personal, en Europa o Estados Unidos, donde tomar un avión internacional no es muy diferente a tomar un autobús urbano, es raro que esté en el aeropuerto más de sesenta minutos antes de la salida. La vida es demasiado corta para pasarla en el aeropuerto.
Si va a facturar una maleta, muchos aeropuertos no aceptan equipaje de pasajeros en clase económica con más de tres horas de antelación.
Las principales razones, creo, para la "recomendación de tres horas" es (a) para que no puedas culpar a la guía de la aerolínea si llegas al aeropuerto un poco tarde y (b) para que tengas más tiempo para hacer compras en el aeropuerto. En estos dos puntos, probablemente le "recomendarán" que se presente lo antes posible.