Deberías estar bien. Todos los puntos de entrada de todo el país están sincronizados para utilizar los mismos registros, por lo que cualquier anotación realizada en San Diego será visible la próxima vez que entre, independientemente de dónde vaya.
Dicho esto, existe un (pequeño) riesgo es que el oficial de la CBP no arregló completamente sus registros, por lo que cuando usted sale del país, su salida no está vinculada a su entrada. Si es así, como los EE.UU. no tienen constancia de tu salida, puede que se te considere un inmigrante ilegal y te paren la próxima vez que vengas. Si tienes una prueba de que has salido de EE.UU., por ejemplo un sello de entrada en otro país, puedes solucionarlo sobre la marcha; si no, las cosas podrían ponerse feas.
En un país cuerdo, esto se resolvería en la inmigración de salida, pero el Tío Sam no tiene eso. Si quieres comprobarlo, puedes escribir al departamento de FOIA del CBP y solicitar una registro de su viaje a Estados Unidos que debería mostrar tus entradas y salidas, y entonces puedes (intentar) tomar medidas si tu salida no se muestra.
Dicho esto, la confusión con tu sobrina suena extraña y confusa. Como conjetura, supongo que alguien se equivocó al introducir los datos cuando estaban tramitando tu visado, aunque sigo sin entender cómo pudieron sustituir los datos de tu sobrina. ¿Qué visado tienes, y ella patrocinó tu solicitud o algo así?