Obviamente, "lo mejor" es siempre subjetivo y depende de cada persona, pero...
Después de haber hecho escalas de un día en Hong Kong varias veces en los últimos años (incluida una escala de 22 horas hace dos semanas), mi voto sería para la zona de uno u otro lado del puerto de Victoria, ya sea la zona de Kowloon/Nathan Road en el lado norte, o la zona de Causeway Bay/Connaught Road en el sur.
Ambas zonas tienen un excelente acceso al aeropuerto a través del tren del aeropuerto (más rápido y predecible, pero un poco más caro, 100 dólares de Hong Kong por trayecto) o del autobús. Ambas tienen acceso al puerto, incluyendo varios favoritos de los turistas como el Star Ferry, el Peak Tram, las compras en Nathan Road, el Temple Street Night Market, etc.
El transporte público en Hong Kong es muy fácil de utilizar, e independientemente del lado del puerto en el que se encuentre, desplazarse entre ambos lados es sencillo. Los taxis también son relativamente baratos: un viaje de unos pocos kilómetros sólo cuesta 20 dólares hongkoneses (unos 2,50 dólares estadounidenses), por lo que, aunque el hotel no esté junto a las estaciones de tren, es fácil desplazarse.
Evidentemente, hay otras innumerables zonas de Hong Kong que podría visitar, pero a menos que haya estado allí antes y ya haya visto los lugares que rodean la zona del puerto, no le sugeriría que fuera a ningún otro sitio, sobre todo teniendo en cuenta el poco tiempo que tiene sobre el terreno.
Si hay algo negativo en esta zona (y en toda HK en cierta medida) es que los hoteles pueden ser relativamente caros. Hay opciones baratas, pero asegúrate de leer los comentarios en sitios como TripAdvisor, ya que algunos pueden ser de mala calidad. A no ser que te alojes en un hotel de más de 4 estrellas, puedes esperar una habitación pequeña, poco más grande que una cama y, probablemente, sin ventana, pero para un viaje tan corto eso debería ser todo lo que necesitas.