¿Tengo problemas si me pusieron un sello de entrada en otro pasaporte?

Hola, lo que sucede es que yo tengo 2 nacionalidades (colombiana/mexicana) y tengo una visa de estudios (6 meses) en el pasaporte Colombiano para España. Cuando entré a la unión europea (Paris) me pidieron los dos pasaportes (ya que nací en México pero resido en Colombia y supongo que inmigración quería comprobar mi pasaporte Mexicano no lo se), cuando ha puesto el sello de entrada, lo puso en el Mexicano; es decir que mi pasaporte con visa no tiene sello. ¿Tendré problemas por esto? Espero me puedan ayudar, gracias