Para la pregunta del título:
Schengen no tiene nada que ver con las aduanas... pero Polonia y la República Checa son también tanto en la UE, que es entre otras cosas una unión aduanera .
Hay algunas categorías de mercancías que no pueden transportarse con total libertad entre los países de la UE, debido a los impuestos internos sobre el consumo de los distintos Estados, pero mientras no viaje con grandes cantidades de bebidas alcohólicas o productos del tabaco, no debería preocuparse por las aduanas al cruzar las fronteras interiores de la UE.
Para la pregunta en el cuerpo:
En cuanto a la circulación de personas El Espacio Schengen es (todavía, supuestamente, oficialmente) un espacio común de viaje sin controles en las fronteras interiores. El sello de entrada que recibe un viajero extranjero cuando entrar en el Espacio Schengen significa que la Espacio Schengen se ha introducido, no sólo el Estado en cuya frontera exterior particular se ha introducido la zona a través de .
El control de inmigración de salida en Praga buscará su último sello de entrada en el espacio Schengen para determinar si ha permanecido demasiado tiempo en el espacio Schengen. No les importará donde que entró en el Espacio Schengen, siempre que puedan comprobar cuando y verifique que ha respetado la regla 90/180.