Depende en parte de si el visado de no inmigrante que posee le autoriza realmente a transitar por Estados Unidos. Por ejemplo, si tiene un visado G, probablemente no pueda utilizarlo para transitar por EE.UU. en un viaje personal a menos que resida en el país.
Suponiendo que tengas un visado B1 y/o B2, o un visado de tránsito real, o algún otro visado que sea válido para tu propósito actual, entonces si yo fuera tú viajaría con el pasaporte hondureño. Ya tienes el visado, así que úsalo.
Yo no me preocuparía por usar el pasaporte de un país diferente al que usa su hijo. Lleve el certificado de nacimiento de su hijo para demostrar su relación. Los guardias fronterizos ven a los niños que viajan con sus padres y utilizan pasaportes diferentes todo el tiempo. Lo sé porque casi siempre I viajan al extranjero, veo al menos una familia con pasaportes de varios países (vivo en Estados Unidos, donde hay muchas familias inmigrantes). Si veo algo así al menos una vez en los 10 o 30 minutos que paso en la cola de seguridad y de control de pasaportes, ¿cuántas veces deben verlo los funcionarios de pasaportes en cada turno?
Si el párrafo anterior no te ha convencido, también puedes llevar tus dos pasaportes (lo que probablemente deberías hacer de todos modos, ya que querrás utilizar el francés para volver a entrar en Francia). Si alguien te dice "¿cómo puedes ser la madre de este niño si no eres francesa?", puedes responder diciendo que son francés, y demostrarlo con su otro pasaporte. Pero nadie va a decir eso.
He aquí una fuente que debería tranquilizarle, ya que, según Estados Unidos, puede elegir entre viajar con su visado como hondureña o con el ESTA como francesa:
¿Debo solicitar el ESTA si tengo doble nacionalidad de un país VWP y de un país no VWP?
Si vuela bajo los términos del VWP, con su pasaporte VWP, debe solicitar el ESTA. Si utiliza el pasaporte de un país no perteneciente al VWP, necesitará un visado y, por lo tanto, el ESTA no le será aplicable.
Fuente: https://help.cbp.gov/app/answers/detail/a_id/1094/~/do-i-need-to-apply-for-esta
Por último, usted parece ser consciente, pero otros que encuentran esta pregunta podrían no serlo, de que su decisión sobre qué pasaporte utilizar es esencialmente independiente del hecho de que usted está viajando con su hija de nacionalidad francesa, porque ella necesita un independiente ESTA incluso si también tiene uno:
¿Debo solicitar el ESTA si viajo con un menor (hijo menor de 18 años) que es ciudadano de un país del VWP?
Si el menor viaja a Estados Unidos en el marco del VWP como turista de 90 días o menos, deberá obtener una aprobación ESTA independiente.
Fuente: https://help.cbp.gov/app/answers/detail/a_id/1094/~/do-i-need-to-apply-for-esta