Los programas están diseñados para fines diferentes, funcionan de forma distinta internamente y, por tanto, tienen costes diferentes.
Por ejemplo, SENTRI se diseñó específicamente para su uso en la frontera terrestre de México, y la mayoría de las personas que tienen una tarjeta SENTRI son ciudadanos estadounidenses o mexicanos que cruzan esta frontera con frecuencia.
Por otro lado, Global Entry sólo es realmente útil en los aeropuertos, donde agiliza la entrada al permitir que la gente escanee su pasaporte en un quiosco en lugar de hablar con un funcionario para el control de inmigración (aunque, por supuesto, todo el mundo sigue pasando por la aduana). En las fronteras terrestres no hay quioscos de este tipo.
También hay que tener en cuenta que, para muchas personas, Global Entry ha sido sustituido en gran medida por otros programas, como el Control Automático de Pasaportes (que permite a los ciudadanos estadounidenses y canadienses y a los viajeros que repiten el VWP utilizar también los quioscos para el control de la inmigración) y el Control Móvil de Pasaportes (que permite a los ciudadanos estadounidenses y canadienses realizar el control de la inmigración desde sus smartphones), ambos gratuitos.