¿Volver a entrar en Japón en un periodo de 90 días como turista?

No, esto no es un problema. Cuando se vaya, entregará el formulario que actualmente está grapado en su pasaporte y se le sellará la salida. Cuando vuelvas te darán un nuevo plazo de 90 días (según mi experiencia).

Es posible que el inspector de inmigración se dé cuenta de que ha estado en Japón muy recientemente. Es posible que le pregunte al respecto. Por supuesto, debes ser sincero. Sin embargo, como tienes la intención de irte antes de que se acabe el periodo original de 90 días, no se te puede acusar de intentar prolongar tu periodo con una carrera de visados. Puede tener a mano una copia de su itinerario para demostrarlo.

De manera informal, no creo que a Japón le preocupe que los occidentales vengan de visita y hagan entradas frecuentes, siempre que no incumplan las normas. El personal de inmigración siempre me ha parecido muy educado, cortés y amable.