No hay "dinero extra". La tarifa BHX-FRA-WDH tiene un precio único y representa sólo una de las diferentes tarifas que se venden para un vuelo en particular. Ninguna clase de tarifa representa "La tarifa" para ese vuelo, todas se calculan utilizando fórmulas que están diseñadas para: llenar el avión, cubrir los costes de las operaciones y obtener un beneficio.

Por lo tanto, no le están cobrando más porque le proporcionen algo extra, sino que le están cobrando más porque ese billete entra en una base tarifaria diferente (más cara). Salvo algunas excepciones, un asiento en clase económica recibe los mismos servicios independientemente del precio que hayas pagado.

jpatokal ha explicado los métodos básicos de distribución de ingresos, pero para ese vuelo los ingresos se basan en los precios de Lufthansa y Air Namibia para esa clase de tarifa concreta. El hecho de que se ofrezcan otros precios más bajos en el mismo vuelo no entra en juego a la hora de calcular la distribución de ingresos para ese billete concreto.

TL;DR: Es complicado.

Esta es la situación de partida: Vuelos desde A vía B hasta C, operados por las compañías aéreas 1 y 2. Si compras un billete de A a B, la aerolínea 1 se lleva todo el dinero; si compras otro billete de B a C, la aerolínea 2 se lleva todo el dinero.

Para fusionar los dos como un vuelo de conexión A-B-C, hay tres opciones básicas:

1. Interlineado . Dos compañías aéreas acuerdan reservar los vuelos de la otra, transferir las maletas y garantizar las conexiones, pero fijan sus propias tarifas y se las quedan para sí mismas. Este es el caso de Lufthansa y Air Namibia y la razón por la que ves un precio diferente es que han acordado un conjunto de tarifas que sólo se aplican al entrelazar.
2. Codeshare . La aerolínea 1 compra asientos a la aerolínea 2 (o viceversa) a un precio acordado X, los vende al precio Y (que es libre de fijar), y gana Y-X. (O, alternativamente, sólo le da a la aerolínea 2 una comisión). En este caso, estás comprando efectivamente todo el billete a la aerolínea 1, que casualmente subcontrata la operación del vuelo B-C a otra compañía.
3. Prorrateo también conocido como reparto de ingresos. Las aerolíneas 1 y 2 acuerdan no sólo interlinear, sino repartir los ingresos a un nivel más profundo, fijando juntos las tarifas combinadas y repartiendo el botín. Estas fórmulas son obviamente secretas, varían de una compañía a otra y pueden ser horriblemente complejo y dependen de toda una serie de factores como la duración del vuelo, la clase de tarifa, quién vendió el billete, la cantidad de competencia en ese sector, etc. La forma extrema de esto es neutralidad de los metales Cuando dos compañías aéreas se ponen de acuerdo para vender los billetes de la otra exactamente como si fueran propias; en realidad, una fusión disfrazada.