Cuando visité Dubai hace un par de años, nunca me preguntaron por mis opiniones religiosas en absoluto. No está en ningún formulario que te den, no está en mi pasaporte ni en mis documentos de viaje, y nunca me preguntaron verbalmente. Así que pasar por inmigración no será un problema.
Además, Dubai está llena de trabajadores no musulmanes, sobre todo filipinos, indios, británicos y estadounidenses. Los árabes de allí prefieren contratar a no árabes para trabajos que no quieren hacer ellos mismos, o para conocimientos específicos. Si tuvieran algún problema con otras religiones, tendrían que despedir a la mayor parte de su mano de obra, que es mayoritariamente católica, cristiana protestante, budista o hindú. (Probablemente, muchos son secretamente agnósticos o laicos y sólo dicen ser de una determinada religión para integrarse en su cultura religiosa).
Dicho esto, no recomendaría entrar en discusiones religiosas sobre el ateísmo mientras esté allí. Aunque permiten que los huéspedes de su país no sean musulmanes, no ven con buenos ojos que alguien intente convertir a la gente a otra religión (o convencerla de que no hay Dios). Y plantear un debate lógico sobre los méritos del ateísmo podría considerarse como un intento de convertir a alguien, y posiblemente se interprete como un insulto a su Dios (es decir, a Alá), ya que estarías negando abiertamente que existe.
Así que, básicamente, contenga su lengua y probablemente estará bien.