Sí, aunque no esté completamente armonizado, es una suposición segura para los países que mencionaste. Se desprende de una propuesta a los miembros de la UE en 2007 (reenviada en 2011)...
Los datos PNR son información proporcionada por los pasajeros durante la reserva y compra de billetes y al hacer check-in en vuelos, así como recopilada por las compañías aéreas para sus propios fines comerciales. Contiene varios tipos diferentes de información, como fechas de viaje, itinerario de viaje, información del billete, detalles de contacto, agente de viajes a través del cual se reservó el vuelo, medios de pago utilizados, número de asiento e información del equipaje. Los datos se almacenan en las bases de datos de reservas y control de salidas de las aerolíneas.
Muchos estados acceden a los datos PNR con el propósito de combatir delitos graves y el terrorismo. Los datos PNR se han utilizado manualmente durante casi 60 años por autoridades aduaneras y cuerpos de seguridad en todo el mundo. Los avances tecnológicos han hecho posible utilizar los datos PNR de manera más sistemática para fines de aplicación de la ley.
Fuente: Registro de nombres de pasajeros (PNR)
La situación actual es que la mayoría de los estados miembros han aprobado su legislación nacional y han implementado o se encuentran en una fase avanzada de pruebas de la propuesta.
Actualmente hasta 16 países de la UE han decidido recopilar datos PNR, según Timothy Kirkhope, un eurodiputado conservador británico que está a cargo del asunto en el Parlamento. Pero debido a la falta de un marco de la UE, dijo, "las aerolíneas no tienen claridad sobre cómo procesar los datos, y los pasajeros no tienen derechos claros a nivel de la UE para proteger la información de reserva como detalles de tarjeta de crédito, número de asiento y contacto de emergencia".
Las estadísticas del Parlamento muestran que la mayoría de los países de la UE ya tienen sus propios sistemas PNR en funcionamiento. En 2013, la Comisión Europea gastó €50 millones para comenzar la recopilación de PNR nacional en 14 países miembros.
Fuente: La ley de registro de nombres de pasajeros supera el primer obstáculo en el Parlamento
El Reino Unido promulgó la legislación en 2008 en forma de un Instrumento Estatutario: La Orden de Inmigración y Policía (Información de Pasajeros, Tripulación y Servicio) de 2008
En 2010, la Comisión Europea emitió una comunicación sobre el intercambio de esta información con países no miembros: Sobre el enfoque global para las transferencias de datos del Registro de Nombres de Pasajeros (PNR) a países terceros
A principios de este año, el 16 de julio de 2015, la propuesta fue sometida a votación y aprobada por una ligera mayoría. Se espera que el marco completo de la UE y la armonización de los miembros estén completos presumiblemente en 2016.
...¿debe registrarse un ciudadano holandés que viaja con pasaporte holandés a través de un aeropuerto internacional alemán a un país asiático?
Habiendo dicho todo eso, pasamos a tu pregunta específica. Los Países Bajos tienen un sistema PNR compatible con la UE en funcionamiento y aún se encuentra formalmente en fase de pruebas. Alemania aún no ha desarrollado un PNR compatible con la UE, pero utiliza la versión que implementaron antes de que se hiciera la propuesta. Entonces la respuesta a tu pregunta sigue siendo 'sí', pero los datos que provienen de Alemania no se mantienen en un formato compatible con la UE.
En caso afirmativo, ¿por cuánto tiempo se retiene esta información?
El principal instrumento legislativo a nivel de la UE que rige este campo fue la Directiva de Retención de Datos, que se adoptó en noviembre de 2006 tras los atentados terroristas de los trenes de Madrid en 2004 y los atentados en el transporte público de Londres en 2005. Estos sucesos resultaron en un texto que dejaba margen para diferentes aplicaciones a nivel nacional y que no garantizaba un nivel suficiente de armonización.
Fuente: La ley de registro de nombres de pasajeros supera el primer obstáculo en el Parlamento
¿Hay alguna diferencia si se utilizan las puertas automáticas de ePasaporte en lugar de los oficiales humanos?
No hay diferencia, el proceso de inspección fronteriza no juega un papel en la recopilación de información. Según la propuesta, la información se recopila en la etapa de reserva y compra.