Si la aerolínea no opera en este aeropuerto, esto significa que no están pagando ninguna tarifa por utilizar los servicios del aeropuerto. Los servicios del aeropuerto no funcionan realmente como un pago por uso. Así que un vuelo no puede llegar y dejar pasajeros de esta manera...

También se trata de responsabilidad. ¿Qué pasaría si los pasajeros comienzan a pasear y no regresan al vuelo? El vuelo podría retrasarse aún más y esto le costaría una fortuna a la aerolínea, sin mencionar los problemas de programación que podría causar en el aeropuerto y en otras aerolíneas.

Para la aduana, incluso si se trata de un vuelo interno, supongo que podrían hacer algunas revisiones aleatorias en la lista de pasajeros, por lo que si llega un vuelo inesperado, podría causar problemas en su organización, aunque estoy de acuerdo en que sería menos problema que para un vuelo internacional.

Mi primera respuesta oficial, así que ten paciencia.

Hay varias razones para esto. Hay un documento creado por el DOT de EE. UU. (aquí y uno más detallado aquí) que cubre prácticamente todas las razones. Parece que, principalmente por la seguridad de los pasajeros (Mejora de las Protecciones para Pasajeros de Aerolíneas). Estas son Contingencias por Demora en la Pista.

Resumen breve para responder preguntas:

• Dado que la aerolínea no tenía presencia en ese aeropuerto, como han señalado otras respuestas, no tenían los medios para proporcionar servicios de desembarque/reembarque. Personalmente he tenido un caso raro en el que operadores de otra aerolínea ayudaron con esto y permitieron el desembarque de los pasajeros. Pero, es raro.
• La Aduana y Protección Fronteriza estuvo involucrada según la política del DOT. En el documento vinculado, la Aduana y Protección Fronteriza es una de las agencias con las que se debe coordinar. La otra es la TSA. Depende de cuál sea la apropiada. En el caso de un aeropuerto que sirve vuelos internacionales, probablemente Aduana sería la apropiada.

Espero que esto responda tu pregunta.

Estoy seguro de que hay varias respuestas potenciales, pero aquí hay un par:

1. Algunos aeropuertos están "cerrados" con la excepción de vuelos internacionales. Dependiendo del país de origen, algunos vuelos llegan tarde por necesidad. Así que Aduanas pudo haber tenido voz a esa hora porque era simplemente quien estaba disponible.
2. La composición del manifiesto de pasajeros podría jugar un papel. Por ejemplo, si había personas en su vuelo que necesitaban sillas de ruedas y esos servicios no estaban disponibles, no sería justo dejarlos salir y que no pudieran ir a ninguna parte. Lo mismo podría decirse de los menores a bordo. Es mucho más fácil mantener a todos en el avión.