¿Es la falta de papel higiénico algo habitual en Japón?

Es habitual en los aseos públicos, sí, especialmente en los situados en lugares desatendidos, como parques públicos y pequeñas estaciones de tren. En cambio, en los aseos de tiendas como las de barrio o centros comerciales, o en las grandes estaciones de tren, prácticamente siempre hay papel (incluso puedes tener suerte y tener un "washlet").

Un problema relacionado y algo más común es que la zona del lavabo no siempre tiene jabón de manos.

Lo que experimenté es que en el área de Kanto la mayoría tiene papel higiénico, pero en el área de Kansai hay muchos baños públicos que carecen de papel higiénico. Un amigo de Kansai también puede confirmar este hecho. Tal vez, es por eso que está escrito en una guía de viajes como Lonely Planet.

Acabo de volver de pasar un mes en Japón, viajando por Tokio, Takayama, Kanazawa, Osaka y Kioto, principalmente por lugares turísticos.

Había papel higiénico en todos los retretes de estilo occidental, excepto en el del santuario Heian de Kioto, que tenía una máquina expendedora de papel higiénico justo fuera.