No debería haber ningún problema para que entres en el Reino Unido con tu pasaporte británico. El problema sólo surgiría si intentaras entrar con el visado (ahora técnicamente inválido). Si crees que puede haber un problema, pasa por el control manual al llegar al Reino Unido y pide al funcionario de la UKBF que anule el visado. Si no pueden hacerlo allí mismo, probablemente puedan decirte si supone un problema y, en ese caso, cómo proceder.
EDIT: Supongo que lo que tiene en su pasaporte nigeriano es un visado emitido antes de convertirse en ciudadano británico. Si se trata, en cambio, de un "Certificate of Entitlement" (no es realmente un visado) que acredita su derecho de residencia en el Reino Unido, entonces es válido hasta su caducidad y no plantea ningún problema para la entrada en el Reino Unido.