A menudo puede ser difícil averiguar de antemano para algunos países si requieren una validez de seis meses o no, por lo que la opción más segura es siempre asegurarse de que el pasaporte se renueve mucho antes de ese período de seis meses.
Afortunadamente, para Japón, hay una respuesta bastante autorizada sobre esto:
Algunos países asiáticos requieren 6 meses de validez del pasaporte para que yo pueda entrar. ¿Se aplica a Japón? El pasaporte debe seguir siendo válido durante el período de la estancia, pero no se requiere un período mínimo de validez.
(de la página de preguntas frecuentes de la Consulado General del Japón, Melbourne )
Obsérvese que esto se aplica a la entrada, no necesariamente a la solicitud de un visado (como señaló la @TheWanderingCoder en los comentarios). Si necesita un visado, es probable que se le aplique una validez de seis meses (por ejemplo, visado de estudiante preuniversitario, visado de estudiante universitario, visado de trabajo en vacaciones, visado de trabajo, etc.).