ESTA, confusión de nombres

He hecho exactamente esto hace dos años y no he tenido ningún problema al respecto. Esto no significa que no tengas problemas, pero dudo mucho que sea un problema. Eso confirma lo que dice su aerolínea.

Es decir, tengo dos nombres de pila pero rutinariamente sólo uso el primero de ellos. Mi ESTA sólo tiene el primer nombre mientras que el billete de avión se emitió con mi nombre completo (es decir, dos nombres de pila) como también está en mi pasaporte. Ni la aerolínea, ni inmigración, ni nadie más se preocupó por eso.

Dada la redacción de las reglas de aplicación del ESTA que usted cita, incluso asumo que este es el comportamiento deseado.
Como señaló @phoog en un comentario que figura a continuación, en los Estados Unidos los segundos nombres de pila y los posteriores se denominan generalmente segundos nombres, por lo que dejarlos fuera de una entrada denominada "nombre de pila" sería bastante normal.