Lo que suele suceder es que originalmente, hay una estación llamada X (que puede o no llevar el nombre de la ciudad donde se encuentra). En algún momento se decide que la zona necesita una nueva estación, y que la nueva estación simplemente se llamará "Shin-X", lo que debería entenderse como "la nueva X".
A veces, la razón por la que se necesita una nueva estación es que se planea una nueva línea de Shinkansen hacia la zona y se determina que la estación existente no es adecuada para acomodarla. Esto es lo que sucedió en Shin-Osaka, por ejemplo: el área alrededor de la estación de Osaka no tenía suficiente espacio para los desarrollos necesarios.
Sin embargo, puede haber muchas otras razones por las que se necesita una nueva estación. En el caso de Shin-Sapporo, fue para servir a un nuevo desarrollo urbano (que, por cierto, también se llamaba Shin-Sapporo). Uno interesante es Shin-Rifu (en la ciudad de Rifu, cerca de Sendai) que se estableció cuando el Tohoku Shinkansen comenzó a operar, no porque el Shinkansen vaya realmente a esta estación, sino para acomodar a los empleados y visitantes del patio ferroviario vecino del Shinkansen. La página de Wikipedia japonesa de una estación generalmente tiene una sección de "Historia" donde se proporciona información de fondo sobre su establecimiento.
Y a veces Shin es simplemente parte del nombre "real" de la estación, como en la estación de Shintoku (en la ciudad de Shintoku, Hokkaido).
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Nota: El kanji para "shin" es, que significa "nuevo". Deberías poder deducir el resto a partir de esto.