Tl;dr: si el PNR dado es bueno para el sitio web de la aerolínea, es bueno.
Esto es difícil de evaluar. El problema es que los PNR "paraguas" existen para muchos propósitos legítimos, considéralos como una carpeta en la que puedes tener muchos viajes individuales con su propio PNR. A menudo, la agencia de reservas tampoco te permite conocer los PNR individuales sin que te lo pidan (normalmente por teléfono); tu pista será el hecho de que no puedes entrar en el sitio web de la aerolínea para ver tu viaje con el PNR indicado. Pero el sitio web de terceros, checkmytrip y otros similares, sí muestran tu viaje.
Por lo tanto, utilizando dicho "paraguas", el tercero es perfectamente capaz de crear dos reservas independientes. Como se suele decir, no hay que suponer malicia donde lo haría la estupidez: algún astuto ingeniero de software pirata de viajes que pensó en injertar dos viajes juntos podría haber olvidado las comprobaciones de MCT.
Porque existe una cosa en el GDS, llamada Tiempo Mínimo de Conexión, que no es accesible al público en general (grrr), pero que a menudo es publicada por los iniciados en varias wikis, flyertalk, etc. Así que tienes que buscar en Google (o preguntar aquí y nosotros buscaremos por ti, no es que lo sepamos) el TMC para la ruta en cuestión. Será algo así como de internacional a internacional en el aeropuerto B o algo así. Si la reserva está dentro del TCP, es poco probable que se produzca un pirateo y que la aerolínea no te venda el billete por la razón que sea.
Si el PNR que te han dado te permite acceder a la página web de la aerolínea mostrando toda la reserva, estás en condiciones de hacerlo. Si no es así y al llamar al servicio de atención al cliente de la tercera parte te dan dos PNR de la aerolínea, tienes problemas. Tener dos PNRs para un viaje complicado no sería un problema, de hecho es bastante normal, pero para un viaje único con dos tramos en la misma aerolínea, tiene que estar en el mismo PNR. (Como ejemplo, estaba volando Amman-Nueva York-Vancouver en Royal Jordanian y Cathay Pacific y puedes reservar esto con American Airlines por teléfono y terminarás con un PNR de RJ, otro de CX y otro de AA - por la razón que sea, ninguno de los tres te venderá este billete online).
Si un tercero ofrece reservas dentro del MCT, yo haría una captura de pantalla y les preguntaría qué están haciendo y, si fingen ignorancia, se lo enviaría al menos a la aerolínea, pero también, si tiene sede en Estados Unidos, Enviaría un correo electrónico a info@iatan.org porque creo que la IATA estaría bastante interesada en una violación tan flagrante de las normas.