Las otras dos respuestas ya han señalado que se necesita un permiso para entrar en el espacio Schengen, pero no entraron en muchos detalles por qué.
Como se ha señalado, el tramo central es totalmente nacional, intra-Schengen, mientras que el primero y el último son internacionales extra-Schengen. (doméstico) y intra-Schengen pueden leerse como sinónimos en el espacio Schengen; cuando los no europeos piensan internacional significan algo que para los aeropuertos europeos es extra-Schengen).
Si llega a Múnich o a Fráncfort en un vuelo extra-Schengen, llegará a una parte del aeropuerto relativamente segregada y, antes de acceder a su equipaje o a cualquier otra cosa, tendrá que pasar la inmigración de entrada. Como estos dos aeropuertos son los más grandes de Alemania y como tienen un alto porcentaje y número de viajeros en conexión, se han tomado disposiciones para simplificar el tránsito entre vuelos extra-Schengen. No estoy del todo seguro del procedimiento completo, ya que nunca hice un transbordo de extra-Schengen a extra-Schengen en ninguno de esos aeropuertos. Pero me imagino pasarelas separadas que te llevan desde las llegadas internacionales más o menos directamente a las salidas internacionales sin tener que acercarte a la parte doméstica del aeropuerto.
Por supuesto, nada le impediría intentar ir a otro lugar. Pero "otro lugar" en la zona de salida extra-Schengen se limita a otros vuelos fuera de Schengen; para entrar realmente en el país tendría que pasar por un control de inmigración adecuado en algún momento. Así que de extra-Schengen a extra-Schengen es un itinerario de "bajo riesgo".
Sin embargo, su pierna central es doméstica. No parte de las salidas extra-Schengen, sino de la zona de salidas intra-Schengen (nacionales). Esto es no separado de la zona del público en general por ningún otro control de inmigración; sólo por el control de seguridad de la zona de vuelo. Puede que siga siendo difícil pasar de la zona de salidas nacionales a la parte de tierra del aeropuerto; nunca lo he intentado.
Sin embargo, su llegada a Múnich también estar en el lado de la llegada nacional. Lo único que separa las llegadas nacionales de la zona del público en general es una simple puerta al final de los carruseles de equipaje; no hay control de inmigración ni nadie que compruebe que vas en la dirección correcta. De este modo, sería extremadamente fácil decir "sí, sólo estoy en tránsito; embarcaré en mi avión con destino a la India en Múnich", mientras que en realidad se sale del aeropuerto, se pierde el último tramo y se entra en Alemania ilegalmente.
Y por eso no se puede utilizar simplemente un visado de tránsito aéreo (o ninguno, porque el aeropuerto de Múnich/Frankfurt), sino que se necesita un visado Schengen en toda regla para entrar correctamente en el espacio Schengen. Quieren saber a quién dejan entrar y es un nivel de escrutinio totalmente diferente al del tránsito aéreo.
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Posible duplicado de ¿Necesito un visado para transitar (o hacer escala) en el espacio Schengen?
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Por curiosidad: ¿Su itinerario está en una sola reserva/un solo pnr?