El año pasado fui a La Habana - Viñales - Cienfuegos - Trinidad - Santiago de Cuba - Baracoa con Viazul, y de Baracoa a La Habana con taxi colectivo.
ad 1. Viazul generalmente solo se detiene en algunos restaurantes en medio de la nada. Cuando viajaba con Viazul, algunas personas bajaban del autobús entre paradas, lo confirmaban con el conductor antes. Pero no creo que sea 100% seguro que puedas hacerlo. Tampoco pude encontrar la ruta oficial, así que puede que no sea la mejor idea. Además, siempre hacía mucho frío adentro (afuera había > 30 ºC, adentro la gente estaba cubierta con mantas, estaba como a 14 ºC todo el tiempo). No había autobuses nocturnos, el único trayecto de 12 h de duración salía a las 8 de la mañana, así que estás perdiendo todo el día viajando.
ad 3. No lo tengo conmigo, pero la guía de Lonely Planet tenía una lista de horarios de salida. El único problema es que a menudo estaban desactualizados, la única forma al 100% de confirmar era ir a la estación de autobuses después de llegar a algún lugar y preguntar sobre los horarios de salida, planificar tu ruta paso a paso.
Los taxi colectivos son más flexibles, pero generalmente más caros (a menos que tengas más personas viajando contigo, con 3-4 personas es igual que Viazul). Puedes encontrar chicos ofreciendo sus servicios en cada estación de autobuses. Por lo general, puedes establecer un horario con ellos. Si estás solo, deberías poder unirte a otros turistas (pero con acceso limitado a Internet a menudo es difícil), simplemente conocí a unos chicos polacos en la calle y organicé la ruta con ellos.
Solo como anécdota, tuve una mala experiencia con los colectivos, mis amigos y yo íbamos a ir en un coche nuevo con dos conductores que se turnaban (Baracoa - La Habana es un largo camino), pero conseguimos un viejo coche chino con un motor que se apagaba constantemente, solo un conductor agresivo, que al principio conducía como loco, y luego empezó a quedarse dormido detrás del volante. Tuvimos que hablar con él durante un tiempo para mantenerlo despierto, después de unas horas mi amigo se puso al volante y el conductor se fue a dormir en la fila trasera, era demasiado peligroso para que él condujera. No estoy diciendo que siempre sea así, pero nunca se puede estar seguro, los colectivos no están controlados por nadie.
Si vas a dormir en casas particulares, puedes preguntar a los dueños por recomendaciones.
También hay un tren pero no pude encontrar información útil al respecto.
Sobre Soroa, encontré esto en Wikivoyage
No hay autobuses Viazul que se detengan en Soroa, sin embargo, dado que el pueblo comienza en la intersección de la carretera y hay una parada fácil en la gasolinera, es probablemente aceptable que el conductor te deje allí. Consulta primero con el conductor y luego compra tu billete a Pinar del Río (que es la próxima parada). Lo mismo ocurre cuando vienes de Las Terrazas, aunque desde allí también puedes tomar un taxi por 15 CUC. Alternativamente, toma un colectivo desde La Habana. Encontrarás conductores alrededor de la estación de autobuses de Viazul allí, pero es posible que tengas que pagar el precio completo a Viñales (15 CUC por persona).