El visado Schengen es válido para toda la zona. En principio, si se le prohíbe la entrada a un país Schengen, se le debería prohibir la entrada a todo el espacio, pero una denegación de visado no es una prohibición. A la inversa, Suiza no puede conceder un visado válido sólo para Suiza (fuera de algunos casos muy concretos), sino que debe decidir si se puede confiar en usted para entrar en todo el espacio. Por tanto, formalmente, una solicitud al consulado suizo no es diferente de una nueva solicitud al consulado alemán. Cada consulado tendría en cuenta las denegaciones anteriores y debería decidir si concede o no un visado basándose en las mismas normas.
Pero no olvide que un visado se concede para un viaje y una finalidad concretos. Si solicitaste plaza en Suiza (y presumiblemente presentaste un itinerario, quizás una invitación, etc.) y te presentas en otro lugar completamente distinto, los guardias fronterizos podrían sospechar. Si solicitaste un visado suizo específicamente con la intención de eludir la decisión del consulado alemán, habrías cometido un fraude y podrías ver tu visado anulado (o incluso recibir una prohibición propiamente dicha esta vez).
Y los guardias fronterizos alemanes están ciertamente facultados para examinar todo eso aunque Suiza haya expedido su visado. También es probable que se muestren más inquisitivos de lo habitual si te presentas tras varias negativas con un visado de otro país. Así que hay que tener especial cuidado en respetar el itinerario y tener a mano toda la documentación (billetes, reservas, invitación, cualquier cosa sobre el propósito de tu viaje, tu empleo, etc.) al cruzar la frontera.
Por otro lado, este proceso no es nada automático. Si Suiza es realmente tu destino principal y simplemente quieres hacer tránsito en un aeropuerto alemán (entrando así primero en Alemania), no debería ser un problema.