¿La prohibición de los portátiles en el equipaje de cabina de los aeropuertos de Oriente Medio afecta a los vuelos de conexión?

Sí que lo hace. El El Departamento de Seguridad Nacional responde a esta pregunta exacta:

La TSA recomienda a los pasajeros que se trasladan a uno de los 10 aeropuertos afectados que coloquen cualquier dispositivo electrónico personal de gran tamaño en su equipaje facturado al registrarse en el aeropuerto de origen.

Toma nota de lo que el Washington Post dice, citando una fuente anónima:

la logística de la aplicación de la prohibición será desalentadora, en particular en los casos en que los pasajeros tomen vuelos de conexión en otros lugares del mundo antes de abordar un avión con destino a los Estados Unidos.

"Tienes que preguntarte, si alguien se está conectando y no tiene acceso a su bolso para meter su portátil, ¿qué hace?" preguntó el oficial. "Supongo que la gente se dará cuenta de que si te conectas en Casablanca, será mejor que tengas tu portátil en la maleta".

¿Qué pasa si estás en la conexión con un extremadamente amenazando al lector de libros electrónicos que olvidaste registrar? Me imagino que las posibilidades incluyen:

1. Puerta revisando una bolsa. Si tienen las facilidades para hacerlo, si tienes una bolsa y así sucesivamente. En el mejor de los casos, los aeropuertos afectados pondrán a disposición cajas de cartón grueso para el control de la puerta de embarque, tal vez por una tarifa. Si realmente quieren servirte bien, podrían incluso añadir una máquina de colchones de aire. El embalaje de artículos frágiles es un problema con soluciones conocidas. Los controles de puerta implican menos manipulación de equipaje, por lo que las posibilidades de robo son algo menores, pero aún así, esas cajas podrían tener un cartel de un metro de alto con letras gruesas que griten "¡objetos de valor!". Edición: El 23 de marzo de 2017 Emiratos de hecho anunciado esta opción.
2. Enviándolo por correo. (Aunque AFAIK estas instalaciones son típicamente terrestres lo que hace que sea problemático y lleve mucho tiempo llegar allí a menos que seas escoltado allí y de vuelta por seguridad para evitar la inmigración saliendo y la seguridad normal entrando...)
3. Si tienes mucho tiempo tal vez serán lo suficientemente indulgentes para reunirlos con su equipaje facturado brevemente, lo cual, de nuevo, muy probablemente requerirá una presencia de seguridad.
4. Reencaminando a través de la UE o Canadá. Encontraría esto extremadamente improbable para billetes económicos baratos, pero quién sabe.
5. Por último: no abordar el avión a los EE.UU. Sospecho que en este caso te harán comprar un billete de vuelta a tu punto de partida o a cualquier otro lugar al que quieras ir. De nuevo, quién sabe qué pasará con los pasajeros de negocios (o los primeros).

En realidad, las aerolíneas fueron más allá de mi imaginación: Qatar Airways y Etihad Airways ofrecen dispositivos en préstamo para los viajeros de negocios y apuesto a que los Emiratos no se quedarán atrás.