No, no tienes que volver a aplicar.
En el caso del número de pasaporte, no importa si las letras están en mayúsculas o minúsculas.
Esto se desprende del estándar ICAO 9303-3 que menciona lo siguiente acerca de los caracteres utilizados en la Zona Legible por Máquina:
Los caracteres impresos se restringen a los definidos en la Figura 4.
La Figura 4 no tiene letras en mayúscula o minúscula separadas:
Y 9303 parte 4 que habla sobre los documentos de viaje exige que el número de pasaporte esté en la zona legible por máquina:
Entonces, si hubiera dos pasaportes con los mismos caracteres, excepto que uno está en minúsculas y el otro en mayúsculas, esto no sería discernible para ningún lector de máquina, lo cual es claramente inaceptable. Quizás hayas visto cuando el oficial de fronteras escanea tu pasaporte que solo pasa por el borde inferior? Eso es la Zona Legible por Máquina. Aquí hay un ejemplo: