tl;dr: No puedes
Generalmente las compañías de alquiler de EE.UU. no tienen la opción de seleccionar el tipo de transmisión, porque no ofrecen otra cosa que no sea automática.
Los únicos coches de las compañías de alquiler más populares que tendrían alguna posibilidad de tener transmisión manual, serían coches deportivos de alta gama. Y aún así, esa posibilidad es mínima o nula. Por ejemplo, en Hertz tienes "colección de adrenalina" con coches como Mustang GT Premium o Corvette Stingray y aún así sólo tienen la opción de transmisión automática. Incluso tienen coches deportivos europeos como BMW M5 o Porsche Cayman también sólo automático.
La única forma de conseguir un alquiler con manual, sería utilizar uno de los alquileres entre pares y elegir la categoría "coches exóticos" o similar. Pero incluso con estos no he visto mucha oferta de transmisión manual (prácticamente ninguna).