Estás haciendo un montón de preguntas al mismo tiempo.
La cola para coger el autobús por la mañana es enorme, ya que todo el mundo quiere levantarse antes del amanecer. Puedes subir andando, lo que, dependiendo de tu condición física, no tiene por qué llevarte más de 45 minutos.
Bajar es más rápido. Pero, además, no todo el mundo querrá salir al mismo tiempo, por lo que tomar el autobús hacia abajo también es una opción.
Las puertas de Machu Picchu se abren a las 6, así que a esa hora se permite la entrada. Al parecer, las puertas de Huaynapicchu solo se abren a las 7, a las que se accede después de entrar en Machu Picchu. La fuerte implicación es que tiene que comenzar su ascenso a Huaynapicchu entre las 7 y las 8.
Ahora estoy en Perú y he preguntado a varias personas, tanto peruanas como extranjeras, si los dos grupos para ingresar a Machu Picchu significan que tienes que salir cuando se te "acabe el tiempo". Todas las respuestas que he recibido han sido "no lo sé" o "no, puedes quedarte todo el tiempo que quieras". Esto es sólo de oídas, pero es lo mejor que puedo ofrecer. En sitio oficial de venta de entradas para Machu Picchu no parece explicar esto.
Una vez que haya bajado de la montaña, ya sea en autobús o a pie, llegar a la estación de tren le llevará sólo unos minutos. Así que, sin duda, es posible coger el tren de las 14:30. Pero, ¿por qué no coger el tren más tarde? Aguas Calientes no es muy interesante, pero vale la pena quedarse en Machu Picchu todo el tiempo que pueda. Eso sí, lleve tentempiés y bebidas.
Si se toma el tren nocturno de Aguas Calientes, hay que tener en cuenta que, si no se tiene transporte organizado desde Ollantaytambo, o no se está alojado en Ollantaytambo, puede resultar difícil conseguir transporte desde allí a Cuzco. Sorprendentemente, a pesar de todos los taxis y autobuses que recogen a los turistas del tren, casi ninguno atiende a quienes viajan por su cuenta.