Sí. Cuando llegue a España, pasará por el control de inmigración para el espacio Schengen, independientemente de si tiene previsto salir del aeropuerto o no. En otras palabras, para llegar a su vuelo a Grecia, pasará por el control de pasaportes. Una vez que le hayan puesto el sello del espacio Schengen, podrá salir y volver a entrar en el aeropuerto.
Su vuelo de España a Grecia es un vuelo "interno" de Schengen, por lo que no hay un control sistemático de pasaportes, aunque la policía u otras autoridades pueden pedir ver sus documentos en cualquier momento. Sin embargo, si eso ocurre, no le sellarán el pasaporte.