De hecho, muchos países exigen que se salga y se entre en el país con el pasaporte de ese país. Así que eso se encarga de salir de Albania.
Después, puedes utilizar tu pasaporte RSA -siempre que el nombre sea el mismo- y viajar hasta Indonesia, y volver. Además, cuando salgas de Singapur hacia Alemania y Albania, es posible que tengas que mostrar ambos pasaportes, ya que los ciudadanos de la RSA no pueden entrar libremente en Albania. Pero eso no es grave, ya que las compañías aéreas están acostumbradas a los ciudadanos con doble nacionalidad.
Por último, un comentario sobre la llegada a Indonesia. No necesitas un visado a la llegada: tanto RSA como Albania están en la lista de exención de visados para el turismo. Siempre que vayas a Indonesia por turismo, tus dos pasaportes te servirán y no necesitarás visado.