Para que quede claro, no se trata de hacer nada ilegal. La pregunta se refiere a los ámbitos de control, y a cuándo se está "visitando" el territorio de un país.
Según el Normas de la ONU , territorial aguas se extienden 12 millas náuticas fuera de la tierra. Así que para viajar al país X, entrar en esas zonas te situaría bajo su territorio.
Lo que me pregunto es si existe una convención similar para la altitud sobre el nivel del mar. Supongo que hay algún límite, porque si no la ISS estaría atravesando territorios de países todo el tiempo...