Volver a entrar en el espacio Schengen con un visado nacional D de larga duración para una sola entrada y un permiso de estancia

Estoy estudiando en Italia y tengo un permiso de estancia italiano. Pero mi visado nacional italiano de larga duración es de una sola entrada.

¿Puedo salir y volver a entrar libremente en el espacio Schengen, por ejemplo para hacer un viaje a Croacia, utilizando el permiso de estancia?

Mi información actual es que con el permiso de estancia puedo viajar libremente fuera y volver al espacio Schengen, pero me pregunto si no está en contradicción con el número de entradas de mi visado.

Gracias.