No ser abogado y ser yo mismo un ciudadano de un espacio Schengen y estado miembro de la UE, no tengo experiencia directa con este tipo de problemas, de manera que todo lo que voy a decir se debe tomar con un grano de sal. Aún así, me pregunto si hace alguna diferencia en la práctica (y, de paso, la frecuencia con que esta realmente podría suceder). Parece que una larga estadía de la visa de uno de los estados miembros del acuerdo de Schengen (que es no un visado Schengen como el acuerdo de Schengen sólo cubre estancias cortas y cada estado miembro sigue siendo en su mayoría libres de establecer normas que rigen los visados de larga duración como mejor les parezca) da los mismos derechos, en otros estados miembros, como un "visado uniforme" (es decir, múltiples entradas en el espacio Schengen durante un máximo de 90 días de estancia en cualquier medio año).
Esta página web desde el ministerio de Interior francés , parece apoyar esta interpretación.
Según esta página web, lo que tienes que hacer para poder entrar a Francia de nuevo después de 5 meses es volver a el país que entregan la visa de larga estancia (es decir, Alemania en tu ejemplo), así como un "visado uniforme" obligaría a volver a un no-país del espacio Schengen para evitar el uso de su 90 días de cuota. Una cosa que no sé es cómo usted puede ir sobre la documentación el hecho de que usted hizo salir de Francia si se viaja por carretera en lugar de tomar un vuelo de conexión, ya que no hay controles en la frontera entre Francia y Alemania. Esa es la principal diferencia práctica con el uniforme de visado situación como fronteras exteriores de Schengen están vigilados y que haría un sello de salida en su pasaporte, pero a los 90 días de la regla se aplica en ambos casos. (Usted ha mencionado Francia como un ejemplo y lo he buscado en francés pero creo que esas reglas se definen en algunas de las directivas de la UE por lo que debe aplicarse para otros países de Schengen.)
Lo que es más importante, de una larga estadía de la visa de Alemania (o cualquier otro país del espacio Schengen) no le da derecho a permanecer en Francia (o cualquier otro país del espacio Schengen) por el tiempo que usted desee (es decir, que Alemania no puede entregar visados de larga duración en Francia o viceversa), de modo que en ambos casos se está usando, de su derecho a hacer una breve estancia en Francia. Sólo después de 5 años de residencia en Alemania, va a ser en realidad el derecho a una visa de larga estancia en Francia (en realidad, un "titre de séjour", esta no es una visa, pero un documento separado), pero esto no tiene nada que ver con Schengen, esta es una norma de la UE que no se aplica a terceros países de Schengen (y no también para el reino unido, Irlanda y Dinamarca, a pesar de ser miembros de la UE, debido a que se optó, ver aquí). Probablemente también se aplica a Suiza a través de sus acuerdos bilaterales con la UE, pero no estoy muy seguro. Sospecho que tener este derecho reconocido no siempre puede ser trivial en la práctica.
Además, entiendo que hay un complejo de reglas con respecto a la zona de operaciones de tránsito. Dependiendo de su nacionalidad, usted podría tener derecho a la exención de visado de tránsito en los aeropuertos internacionales de algunos o de todos los países del espacio Schengen, por lo que técnicamente la necesidad de un visado para permanecer en el espacio Schengen no implica automáticamente que requieren una visa en su escenario.