Es un poco desordenado. Desde Informe de la Comisión al Parlamento Europeo y al Consejo sobre el funcionamiento de las disposiciones relativas al sellado de los documentos de viaje de los nacionales de terceros países de conformidad con los artículos 10 y 11 del Reglamento (CE) nº 562/2006 por el que se establece un Código comunitario de normas para el cruce de personas por las fronteras (Código de fronteras Schengen) :
Las dificultades encontradas, descritas por los Estados miembros, son de la siguiente naturaleza:...Cuestionamiento de la necesidad de sellar los documentos de viaje de los nacionales de terceros países que están en posesión de un permiso de residencia válido expedido por un Estado miembro de Schengen.
El informe señala que es un poco tonto poner sellos de entrada/salida en el pasaporte de un residente de la UE, dado que no hay forma real de comprobar si la persona ha sobrepasado su estancia en un país de la UE distinto del que es residente. Concluye en parte:
La Comisión subraya que los documentos de viaje de los nacionales de terceros países nacionales de terceros países que estén en posesión de un permiso de residencia válido de un Estado miembro de Schengen están exentos de la obligación de sellado a entrada y salida.
Por supuesto, nada de eso habría surgido en primer lugar si todos observaran estrictamente los mismos procedimientos, y lo que está en juego es bastante poco. Si te quedas sin espacio en el pasaporte puedes intentar gritar al ICO si/cuando recoge el sello, pero por lo demás yo no me preocuparía.