En este caso, se supone que hay que obtener sellos al cruzar de Croacia a Eslovenia. Según mi experiencia, los trámites en estas fronteras terrestres han sido algo relajados, pero suelo cruzar en coche y no en autobús y no lo he hecho mucho desde que Croacia entró en la UE. Además, cruzaba sin visado. En tu caso, con un visado y en un autobús, yo esperaría que te pusieran un sello como algo normal, como debería ser.
(Seguramente no recibirá un sello en la frontera entre Eslovenia e Italia porque ambos países pertenecen al espacio Schengen. Por tanto, no hay controles sistemáticos en esa frontera. Aunque te controlen allí por algún motivo, no recibirás un sello de entrada Schengen porque no entrarás allí en el espacio Schengen).
Su experiencia en Roma podría ser efectivamente problemática si no tiene un sello de entrada. Si los funcionarios eslovenos no te lo dan, deberías pedirlo.