Siempre será por orden de llegada. Pensarán que algunas personas no se presentarán, las aerolíneas sólo lo sabrán cuando se presente demasiada gente y quien haya conseguido la tarjeta de embarque estará a bordo y quien no la haya conseguido tendrá algunas disculpas y quizás una habitación de hotel, depende de las políticas de las aerolíneas y de la situación.
Por lo tanto, sólo hay una cosa que puede salvarte de esto, llegar temprano o conseguir la tarjeta de embarque antes (la mayoría de las compañías aéreas tienen la opción de emitir tarjetas de embarque en línea). Es la mejor manera de asegurarse de que estará a bordo.
La mayoría de las compañías aéreas permiten obtener la tarjeta de embarque 24 horas antes del vuelo (ya sea acudiendo al mostrador del aeropuerto o por Internet), pero una vez que se obtiene la tarjeta de embarque es de un solo uso, el billete ya no es reembolsable y no se puede cancelar (a menos, claro está, que sea un error de la compañía aérea, por ejemplo, si cancelan el vuelo).
Una cosa más, puede que tengas suerte y te suban de clase si tu clase estaba sobrevendida y no te encontraron asiento. Así que si te gusta apostar y no tienes problema en retrasarte uno o dos días, puedes arriesgarte y llegar un poco tarde.
ACTUALIZACIÓN:
Como ha comentado Flimzy, si las compañías aéreas en caso de overbooking emitieran tarjetas de embarque superiores a la capacidad del avión (cosa que ocurre por cierto) entonces algunas personas tendrían que desembarcar. No conozco ninguna norma al respecto. Podría ser por voluntariado como se menciona en el comentario o por algún otro criterio dependiendo de las aerolíneas. En la aerolínea donde trabajo rechazan primero a los pasajeros que son empleados de la aerolínea, lo sé porque estuve en esta situación antes. Supongo que otras aerolíneas tienen criterios similares.
