Según mi experiencia, los agentes de facturación de los aeropuertos (a diferencia de la página web de la aerolínea o de los quioscos de facturación no tripulados del aeropuerto) suelen estar encantados de asignar asientos juntos sin coste alguno si están disponibles (aunque, por supuesto, no podrás elegir qué asientos son). Sólo hay que acercarse al mostrador de facturación juntos. Sin embargo, en los vuelos muy concurridos, dependiendo de la aerolínea, puede que no queden asientos contiguos cuando se abra la facturación en el aeropuerto.
El hecho de registrarse por separado en línea en el mismo momento, si acaso, lo hace aún menos que acaben juntos por casualidad. Los sistemas que conozco no se limitan a 1A-1F, 2A-2F, etc.; los asientos de ventanilla y de pasillo se distribuyen antes que los del medio.
Como mencionó Willeke, es posible intercambiar los asientos (aunque en algunos vuelos que he tomado, la tripulación ha pedido a la gente que permanezca en sus asientos originales hasta después del despegue). En el caso de padres e hijos que viajen juntos, la tripulación hará todo lo posible por reunirlos (por ejemplo, ofrecerán bebidas gratis a quien esté dispuesto a cambiar a un asiento del medio para acomodarlo), pero si se trata de un par de adultos, es probable que estés solo. (No obstante, tenga en cuenta que también poder comprar una bebida a alguien para incitarle a intercambiar).