Lo mejor que puedes hacer es contactar directamente con el ANA y preguntarles.
Si el billete ya ha sido emitido, comprueba el número de billete: si empieza por 205, es un billete de ANA y probablemente estés bien. Si empieza con 691 es un billete de Jet Airways y puede que tengas un problema aquí.
Supongo que sí: Si es un boleto del ANA tienes una buena oportunidad de conservarlo. Un billete sólo se emite después de ser pagado, por lo que la conversión de "millas a billetes" ocurrió en el momento de la reserva y no depende de los acontecimientos futuros. Así que a ANA ya le pagaron por Jet Airways en cualquier método que nos se compensan mutuamente.
En este sentido, las millas son similares a comprar con una moneda extranjera. El cambio se produce en el momento del pago, no en el momento del vuelo.