No es posible dar una respuesta definitiva a la pregunta general. Cuando dos partes no están de acuerdo sobre algún hecho, cualquiera de ellas podría equivocarse. Pero es posible dar algunas pautas generales.
En primer lugar, es más probable que la información más reciente sea correcta, cuya razón debería ser obvia. Segundo, porque el gobierno del país hace las reglas, la información del gobierno del país es más probable que sea correcta.
En este caso, parece que el "nuevo portal" abierto por Francia debe ser confiable en ambos aspectos: es reciente, y es una fuente oficial del gobierno.
El problema, por supuesto, es (como usted encontró) que el tercer contratista, en este caso VFS, puede negarse a aceptar su solicitud, incluso si están equivocados y usted tiene razón. Realmente no tienes otra opción que cumplir con sus requisitos.
En este caso, el cumplimiento no hizo que su solicitud fuera menos fuerte (y me resulta difícil imaginar cómo una situación similar podría hacerla menos fuerte), así que no es una gran pérdida para usted. Aún así, puede que quieras presentar una queja a través de los canales oficiales. Lo ideal sería que esto llamara la atención del gobierno francés sobre el hecho de que el contratista está imponiendo requisitos espurios a los solicitantes de visado, y debería incitar al gobierno a informar al contratista de los requisitos correctos.
(Algunos pueden decir que debido a que el gobierno hace las reglas, no sólo es "más probable que sea correcto" sino que garantizado para ser correcto. Pero aún es posible que los gobiernos den información incorrecta, por ejemplo, por falta de comunicación, malentendidos o páginas web mal mantenidas).
