¿Puedo hacer el check-in en un mostrador (JFK) desde dentro de la seguridad?

Depende únicamente de posibles cambios necesarios en la terminal: verifica donde llega tu vuelo y donde parte el otro; si están en la misma terminal, puedes hacer el check-in en la puerta o en el mostrador de servicios de las aerolíneas.

Sería más fácil, sin embargo, hacer el check-in para el segundo vuelo en ATL (a menos que tu aerolínea transatlántica no esté presente allí) - simplemente ve al mostrador de la aerolínea del segundo vuelo, diles lo que necesitas, y ellos te imprimirán la tarjeta de embarque o marcarán tu entrada en su sistema para habilitarla para una tarjeta de embarque en línea.

[Me he dado cuenta de que la pregunta es para la dirección opuesta: Londres-JFK-ATL. Esta respuesta no es incorrecta, pero no se aplica a esta pregunta. La dejaré aquí por ahora, ya que todavía podría ser útil]

No, pero sí.

Generalmente, no necesitas salir del área segura para registrarte para un vuelo posterior, ya que las aerolíneas tienen un mostrador de transferencia dentro de las áreas seguras, y también podrías ir directamente a la puerta de salida y hacer el check-in allí (¡al menos 30 minutos antes del vuelo, sin embargo!).

Sin embargo, como estás llegando de un vuelo internacional, necesitarás pasar por inmigración y aduanas, y después de eso, estarás fuera del área segura. Esto es intencional, ya que el vuelo desde el que llegaste potencialmente no se verificó de acuerdo con los estándares de seguridad de EE. UU. (hay vuelos llegando desde muchos aeropuertos en cualquier parte del mundo). Como consecuencia, deberás volver a entrar a través de la seguridad local de la TSA, por lo que también podrías registrarte justo afuera en los mostradores.

Incluso si tu vuelo tiene una pre-verificación de inmigración en el aeropuerto de salida, probablemente llegarías a otra terminal (ya que los vuelos domésticos no salen de la terminal internacional), por lo que aún estarías obligado a salir de la seguridad para cambiar de terminales.

Deberías intentar registrarte para tu vuelo siguiente mientras estás en el mostrador en Londres, el agente debería poder registrarte en el sistema ya que ve tu pasaporte y visa en ese momento.