¿Hay alguna razón para ello?

Sí, es muy sencillo.

En los "viejos tiempos" se compraba un billete "combinado" de una sola fuente. Hoy en día es bastante común que sitios como Kayak, de forma bastante ingeniosa, "junten" varios billetes de diversas fuentes.

(Hace poco tuve que volar urgentemente a Londres desde las Américas, y me ahorré -no me digas- tres mil quinientos dólares haciendo esto. No es una broma, como más de media caja de Margaux - ! :) )

Como ha descubierto, el inconveniente preciso de dichas entradas es que:

las condiciones varían drásticamente en los distintos tramos. Son no armonizado.

Antiguamente, cuando se trataba de un billete "combinado", se armonizaban. Así, aunque el "tercer" trayecto fuera en la aerolínea X, que normalmente sólo permite 6 kg de equipaje de mano, la aerolínea X hacer una excepción (sabiendo que formaban parte de una venta de entradas "combinada") y ofrecerían los 12kg que ofrecen las otras aerolíneas en el billete combinado.

Del mismo modo, es posible que tengas comida y bebida gratis en una etapa, y que tengas que pagar el agua del grifo en la siguiente, etc. Es posible que pueda especificar y/o comprar posiciones de asiento en un trayecto, pero no tenga la opción de hacerlo en otro. Es posible que el check-in online sea cómodo en un tramo, pero no en otro. etc.

Este es, en efecto, el inconveniente concreto y dramático de estas compras de billetes "pegados". Al igual que, si usted fuera a preguntar "Entonces, ¿cuál es la desventaja de estas tarifas muy baratas que se pegan?" la respuesta es, de hecho, como usted ha descubierto "todas las condiciones de equipaje / asiento / etc son aleatoriamente diferentes en todo."

No hay manera de evitarlo.

"¿alguien sabe cómo calcular un precio aproximado?"

Sólo tendrías que indicar la aerolínea y el tramo, y alguien que lo haya hecho lo sabrá.