Tienes que sacar tu pasaporte de su billetera o cubierta cuando se lo entregues al agente de control de fronteras. Así que no hay problema de que no se pueda leer. El rango de los pasaportes es relativamente modesto, por lo que no los "leen" hasta que te acercas al puesto.
Por otro lado, los lectores NFC de los agentes de control de fronteras están diseñados solo para un rango cercano, por lo que no captarán ninguna otra etiqueta RFID o NFC a menos que esté pegada en el propio pasaporte. Por eso te piden que saques los pasaportes de sus cubiertas o billeteras.
En cuanto a la seguridad previa al embarque, como los rayos X, los detectores de metal, el escaneo de ondas milimétricas, y demás, las billeteras y bolsas no son un problema siempre y cuando las pases por la máquina de rayos X. Son simplemente jaulas de faraday de papel de aluminio o malla, y la máquina de rayos X puede ver a través de ellas fácilmente. Si las llevas contigo, el escaneo de milímetros (escáner humano de cuerpo completo) las detectará como objetos anómalos y los detectores de metales pueden detectarlas como objetos metálicos y te sacarán de la fila. Si tienes suerte, colocas tu billetera en la bandeja para el escaneo de rayos X y podrás pasar nuevamente. Si tienes mala suerte, serás examinado físicamente, te pasarán un hisopo y (con suerte no) te harán revisiones más detalladas.
Dato curioso: las tarjetas NEXUS tienen un rango mucho mayor y si estás conduciendo a través de la frontera entre Canadá y Estados Unidos, el control fronterizo te pedirá que las saques de sus cubiertas de RFID mucho antes de llegar al agente de control de fronteras, para que puedan leerlas mientras tu auto sigue en la fila. Pero obviamente, no estás conduciendo hacia o desde Canadá, así que esto no aplica.