¿Qué ocurre si un filipino/australiano se queda más tiempo en Filipinas?

Para responder a tus preguntas, empezando por la última:

Pérdida y conservación/recuperación de la nacionalidad filipina

Según la Ley de la Commonwealth de Filipinas nº 63 (sección 1, párrafo 1), usted perdió automáticamente la ciudadanía filipina al convertirse en australiano (la cita es de Lawphil.net ):

Sección 1. Cómo se puede perder la ciudadanía. - Un ciudadano filipino puede perder su ciudadanía en cualquiera de las siguientes formas y/o eventos: 1) Por naturalización en un país extranjero;

La ley de doble nacionalidad filipina ( RA 9225 ) modificó la Ley 63 de la Commonwealth. En efecto, creó una "solución" para esto al crear una disposición para que los ciudadanos filipinos nacidos por naturaleza puedan "conservar o readquirir" la ciudadanía filipina:

Sección 3. Conservación de la ciudadanía filipina - No obstante cualquier disposición legal en contrario, los ciudadanos nacidos en Filipinas por razón de su naturalización como ciudadanos de un país extranjero son se considera que ha readquirido la ciudadanía filipina al prestar el siguiente juramento de fidelidad a la República: [quitó el juramento en la cita] . Los ciudadanos naturales de Filipinas que, después de la entrada en vigor de esta ley, se conviertan en ciudadanos de un país extranjero conservarán su ciudadanía filipina al prestar el mencionado juramento .

Si no ha pasado por este procedimiento, legalmente ya no se le considera ciudadano filipino. Para poder "mantener" o conservar la ciudadanía filipina, tiene que pasar por el procedimiento de retención de la ciudadanía (que puede parecer una formalidad administrativa, pero es algo por lo que legalmente tiene que pasar).

Además, según la Sitio web del Consulado General de Filipinas en Chicago En el momento en que se convierte en australiano, su anterior pasaporte filipino se considera inválido (aunque siga siendo válido en el pasaporte):

En el momento en que se naturalizó como estadounidense [en su caso, australiano] ha renunciado a todos sus derechos y privilegios como ciudadano filipino, lo que incluye la posesión de un pasaporte filipino. Como tal, su pasaporte filipino ya no es válido.

Sólo después de pasar por el procedimiento obtendrá lo que se llama un "certificado de identificación" que le permite volver a obtener un pasaporte filipino.

Tasas por exceso de estancia

Por lo tanto, en su situación, si intenta salir de Filipinas con su pasaporte australiano, lo más probable es que sea objeto de sanciones (incluso si y Si eres un balikbayano, sigues siendo considerado técnicamente un extranjero, y estás sujeto a las mismas sanciones según el enlace de este post anterior aquí en Viajes Stackexchange En el caso de los hoteles, estos pueden llegar hasta los 18.000 PHP).

En este caso, creo que tienes dos opciones:

• Dirígete a la oficina de Inmigración en Intramuros, Manila, y consigue la extensión del visado antes de volar.
• Ve al aeropuerto el día de tu vuelo, y págalo allí... con la posibilidad de que te digan que vayas a la oficina de Inmigración de todos modos. ( Mirando en línea Parece que esto es posible pero no encuentro ninguna página oficial que diga que se puede hacer esto. También dicen que igual te hacen ir a la oficina de Inmigración).

Desgraciadamente (y esta es mi opinión), creo que hay que estar dispuesto a pagar las tasas de sobreestadía.

Podrías tramitar la obtención/recuperación de la nacionalidad filipina (si tienes toda la documentación preparada) antes de salir de Filipinas, y quizás (esto es un GRAN quizás), podrían considerar la posibilidad de reducir las multas/renunciar a ellas. No estoy diciendo en términos absolutos que esto sea una certeza y no tengo ninguna prueba oficial para esto . Pero parece que no hay directrices oficiales al respecto.

(En el página de Filipinas de donde he sacado la información sobre las tasas, hay muchos comentarios de ciudadanos con doble nacionalidad. Por ejemplo, revisa el comentario de y la respuesta a "Vanjoe Colado", del 12 de noviembre de 2018).

Espero que esto ayude.