[Alguien de la aerolínea le dijo que como tocó territorio estadounidense con la escala de 3 horas hecha en los Estados Unidos, todavía está bajo las leyes del ESTA y necesita salir de México también, antes de 90 días en lugar de 180.
Esto no es correcto. La norma de los 90 días del Programa de Exención de Visado sólo afecta a los viajeros que desean volver a entrar en EE.UU. en los 90 días siguientes a su entrada. Los agentes fronterizos pueden readmitirlos por la duración del periodo inicial de 90 días en lugar de conceder un nuevo periodo de 90 días. A un viajero que quiera volver a entrar en EE.UU. después de que haya expirado el periodo de 90 días sólo se le puede conceder un nuevo periodo de 90 días (o negarle la entrada, por supuesto). Como tu plan es volver al Reino Unido sin pasar por EE.UU., no tienes que preocuparte por eso.
En ningún caso la ley de EE.UU. puede controlar cuándo alguien en México está obligado a salir de México, por supuesto, y los EE.UU. no mantendrán un seguimiento de los viajes de su prometida después de que ella vuele a México. En particular, no sabrá cuándo sale de México.
Además, la respuesta a su pregunta
[¿Volverá] al Reino Unido en un vuelo directo, incluso después de que sus 90 días de Esta hayan terminado, restablecerá su reloj y le permitirá entrar en los EE.UU. en un futuro lejano[?]
es Sí. El único problema potencial sería si llegara a EE.UU. desde México, Canadá o el Caribe, pero si esto ocurre realmente en "un futuro lejano", la posibilidad de tal problema es prácticamente nula.
A modo de referencia, el reglamento que crea la norma de "no reiniciar el reloj" es 8 CFR 217.3(b) :
(b) Readmisión tras la salida a un territorio contiguo o a una isla adyacente. Un extranjero admitido en los Estados Unidos en virtud de esta parte puede ser readmitido en los Estados Unidos después de una salida a un territorio contiguo extranjero o isla adyacente para el resto de su período de admisión original del Programa Piloto de Exención de Visado si es admisible de otra manera y cumple todas las condiciones de esta parte con la excepción de la llegada en una compañía aérea signataria.