Como alguien que lo ha hecho, me gusta el autobús. Por supuesto, hay pros y contras de cada uno.
Autobús
Pros : Un autobús es más barato, puedes ver más del campo, interactuar con más gente. Consigues descansos, consigues buenos asientos (¡tienen autobuses de clase ejecutiva!), y puedes parar en lugares en el camino. Paramos en Arequipa para ir al Cañón del Colca, y en Nazca por unas horas para ver las Líneas de Nazca.
Contras : Lleva mucho tiempo. Algunas piernas en el desierto pueden ser aburridas. Algunas personas argumentan que es un camino peligroso, pero yo diría que tal vez sólo en las montañas - la carretera costera de Nazca a Lima es moderna y de alta calidad.
Avión
Pros : Llega más rápido. Tienes una vista aérea. Ahorra tiempo.
Contras : Es más caro. No tendrás una introducción gradual a la altitud, y como resultado puedes recibir un poco de shock cuando bajes del avión - puede ser bastante difícil los primeros días. Estás atrapado en un asiento estrecho de clase económica. No puedes interactuar con mucha gente.
Esperemos que eso ayude. Personalmente, aunque tomé el autobús la última vez, si tuviera tiempo, lo haría de nuevo. No estoy de acuerdo con @vartec - la elección no es obvia, y me encantó el viaje en autobús. Pero debes tomar esa decisión por ti mismo, por supuesto :)