No, eso no es un problema. Un visado de tipo D le permite (entre otras cosas) transitar por otros Estados miembros de Schengen en su camino hacia o desde el Estado emisor.
Código de fronteras Schengen , artículo 6 párrafo 5:
No obstante lo dispuesto en el apartado 1:
(a) los nacionales de terceros países que no cumplan todas las condiciones establecidas en el apartado 1, pero que sean titulares de un permiso de residencia o de un visado de larga duración, serán autorizados a entrar en el territorio de los demás Estados miembros a efectos de tránsito para llegar al territorio del Estado miembro que haya expedido el permiso de residencia o el visado de larga duración, a menos que sus nombres figuren en la lista nacional de no admisibles del Estado miembro cuyas fronteras exteriores pretendan cruzar y la descripción vaya acompañada de instrucciones de denegación de entrada o de tránsito; [...].
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No estoy de acuerdo: la pregunta vinculada se refiere al visado de visitante.