Debería responder que sí.
Incluso si no hubieras escrito tu nombre de forma diferente, por haber utilizado un pasaporte distinto tendrías que responder "sí". Debe explicar las circunstancias en su totalidad.
Incluso si el cambio de nombre fuera la única cuestión, sería mejor responder "sí". Es probable que las autoridades vean el asunto y lo traten como algo trivial. Sin embargo, si no se lo dices, pueden pensar que tienes algo que ocultar, y técnicamente habrías mentido en un formulario oficial.
Casi siempre es mejor poner la información en un formulario oficial en caso de duda.
Y para una organización que se ocupa en gran medida de los registros escritos, un cambio de ortografía se considerará un cambio de nombre.