Sí, todas las personas que llegan a un aeropuerto de EE.UU. en un vuelo procedente de Japón (o de cualquier otro lugar fuera de EE.UU. que no tenga autorización previa) tienen que pasar por inmigración, luego recoger su equipaje facturado (si lo hay) y pasar por la aduana.
No importa que lo siguiente que pienses hacer después de pasar por la aduana es tomar otro vuelo de los Estados Unidos.
Hay un pequeño alivio: si se viaja con un solo itinerario, el etiquetas para el equipaje en su equipaje facturado suelen ser válidas para ambos vuelos, de modo que puede devolver las maletas a la aerolínea en la entrega de equipaje de transferencia justo después de la aduana, y no tiene que hacer cola para conseguir nuevas etiquetas.