Creo que se desaconseja evitarlos si eres elegible, pero no hay nada en el Código de Fronteras de Schengen que mencione el control automatizado de pasaportes de una u otra manera. La práctica puede variar de un país a otro, ya que las puertas electrónicas son implementadas por cada país en lugar de por una autoridad central.
El verano pasado, estaba saliendo del área de Schengen a través de Ámsterdam Schiphol con alguien que tenía un pasaporte de la UE no biométrico. Fuimos al mostrador, pero nos acercamos por separado. Mientras el oficial me devolvía mi pasaporte, me preguntó si viajaba solo. Dije "no" y ahí terminó todo. Sospecho que si hubiera dicho "sí", me habría sugerido que usara las puertas la próxima vez. Pero dado que esto ocurrió después de que me procesara, obviamente no iba a enviarme a las puertas porque no tenía una razón adecuada para no usarlas.
Para eco de la respuesta de Mark Mayo, aquí hay una cita del sitio web de Schiphol, con énfasis agregado:
Cruza la frontera más rápido con eGate
eGate es un puesto fronterizo automático de autoservicio. Cruzas la frontera más rápido que con una inspección manual porque escaneas tu propio pasaporte. Puedes usar las puertas automáticas si tienes 16 años o más y tienes un pasaporte de la UE con un microchip. Sigue las instrucciones en la puerta para un paso suave. Mira el video a continuación para ver cómo funciona el sistema.
De manera similar, desde la policía federal alemana (encontré este enlace en una página de el aeropuerto de Frankfurt):
¿Qué es EasyPASS?
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Este servicio gratuito y voluntario es un componente importante de la gestión integrada de fronteras en Europa. La UE apoya el nuevo sistema de control con fondos del Fondo Europeo de Fronteras Externas.